في إطار تعزيز أواصر التعاون بين البلدين الشقيقين ، في المجالات العلمية و الثقافية  ، ورغبة من جامعة مولاي إسماعيل والجامعة الإسلامية سلطان شريف قاسم الحكومية, بأندونيسيا ، في الرفع من مستوى التأطير و التدريس بشكل يستجيب تماما للتحديات الحالية و المستقبلية، وإيمانا منهما بأن التراث الإسلامي المشترك يشكل بالنسبة لشعبيهما قاعدة ثابتة لإقامة صرح حضارة إسلامية لتحقيق الأهداف والمثل العليا التي يسعى إليها البلدان في مختلف ميادين المعرفة والثقافة والفنون والإبداع، قام وفد من جامعة السلطان شريف قاسم الإسلامية الحكومية في رياو برئاسة البروفيسور دكتور محمد نذير (رئيس الجامعة) بزيارة عمل رسمية لجامعة مولاي إسماعيل حيث تم التوقيع على مذكرة تفاهم بين الجامعة الإسلامية سلطان شريف قاسم الحكومية بأندونيسيا ، وجامعة مولاي إسماعيل، يوم 9 يوليوز 2013  بمقر رئاسة جامعة مولاي إسماعيل.

تهدف هذه الاتفاقية إلى زيادة التبادل العلمي والثقافي وتطوير البرامج الدراسية والبحوث والخدمات الإجتماعية بين الجامعتين. و تنص الإتفاقية أيضا على برامج تبادل الطلاب في المجالات العلمية مثل السياحة العلمية والثقافية، والمشاركة في الندوات العلمية وكذلك المؤتمرات.

تجدر الإشارة بأن الجامعة الإسلامية سلطان شريف قاسم الحكومية هي جامعة  بأندونيسيا،  لها برنامج تنشيطي لتطوير جودة الدراسة والبحوث و الخدمة المجتمعية والثقافة الإسلامية وذلك للنهوض بالجامعة وتطويرها للوصول بها إلى العالمية في المستقبل. علما بأن الجامعة تضم : كلية الإقتصاد،  وكلية الهندسة, وكلية التكنولوجيا الصناعية, وكلية الدراسات الإسلامية.