المهام الرئيسية لجامعة مولاي إسماعيل هي:

• المساهمة في تعميق الهوية الإسلامية والوطنية،
• التكوين الأساسي والتكوين المستمر،
• تنمية ونشر العلم والمعرفة والثقافة،
• إعداد الشباب للإندماج في الحياة العملية خاصة بواسطة تنمية المهارات،
• البحث العلمي والتكنولوجي،
• القيام بمهام أعمال الخبرة،
• المساهمة في التنمية الشاملة للبلاد،
• المساهمة في تطوير الحضارة الإنسانية،

وتختص جامعة مولاي إسماعيل بصفة أساسية بتدريس جميع أصناف التعليم والتكوينات الأساسية وبتحضير الشهادات المتعلقة بذلك وبتسليمها.
وتنظم التكوينات المستمرة لفائدة المندمجين أو غير المندمجين في الحياة العملية قصد تلبية حاجات فردية أو جماعية.