عمدت جامعة مولاي إسماعيل، في إطار سياستها الرامية لدعم وتطوير البحث العلمي وتوحيد الخبرات والمعارف، إلى تحديد محاور بحث تشمل كل المجالات العلمية التي تعرفها:

• العلوم البيولوجيا والبيئة؛
• علوم الأرض؛
• المواد والتطبيقات؛
• الرياضيات والمعلوميات؛
• علوم الهندسة؛
• العلوم القانونية، الاقتصادية، الإنسانية والاجتماعية.